No, al menos no dentro del sistema. La comisión de las AFP actua sobre el salario imponible y no sobre el ahorro obligatorio. Hagamos un ejercicio con números simples para verlo mejor:

• Sueldo imponible: $100.000
• Comisión AFP A: 1%
• Comisión AFP B: 2%
• Ahorro obligatorio: 10%

Como el ahorro obligatorio es del 10% no importa en qué AFP estés, pues siempre del sueldo imponible se descontarán $10.000 equivalente a ese 10%. Sin embargo, AFP A te descontará $1.000 de tu sueldo imponible en parte de comisión, mientras que AFP B te descontará $2.000. Esto solo afectará a tu sueldo líquido (el que va directo a tu bolsillo) por lo que si estás en AFP B, y te cambias a AFP A, tu sueldo líquido aumentaría en $1.000.